Nommé Inspecteur de sûreté de la police Régionale d’Etat de Lyon le 23 février 1942, Alfred Sabatier prend ses fonctions le 1er avril 1942. (Rappel : il appartient alors au mouvement Combat, après avoir appartenu au groupe Libération et avoir fait de la résistance individuelle dès 1940. Cette entrée d’Alfred Sabatier dans la police a-t-elle un lien avec le Noyautage des administrations publiques (NAP), une organisation de la Résistance inventée par André Plaisantin et Maurice Picard, du mouvement Combat, pour infiltrer les administrations de l’État français, et lancée à partir de 1942? Les administrations concernées étaient notamment les préfectures, la police, le ravitaillement, l'électricité, les PTT, la SNCF. Cette piste reste à creuser).
Le 25 septembre 1942, un gardien de la Paix nommé Jean Scalabrino lui demanda de l’accompagner pour procéder à l’arrestation de deux juifs étrangers, les nommés Goldberg et Schmidt qui se trouvaient à Lyon et avaient échappé à la grande rafle d’août 1942. Sur place, ayant contrôlé les papiers d’identité, Alfred Sabatier ne voulut pas procéder à l’arrestation.
Par la suite, les deux juifs furent finalement arrêtés. Sabatier et Scalabrino firent l’objet d’un internement administratif.
Alfred Sabatier fut accusé du délit de « corruption de fonctionnaire ». (Il fut semble-t-il question d’une somme d’argent versée - pour acheter le silence de Scalabrino ? -) et il fut révoqué de la police pour « faute grave » le 11 octobre 1942.
Emprisonné au CSS de Fort-Barraux (Isère), du 15 octobre au 23 novembre 1942, puis interné dans le Camp de Saint-Sulpice-la-Pointe (Tarn), à compter du 23 novembre 1942. Il sera ensuite transféré à Bayonne (Basses-Pyrénées) pour des travaux forcés pour l'organisation Todt, à compter de mars 1943. Il s’évade. Auparavant, il a déjà réussi deux fois à s’échapper et a pu voir son épouse à Lyon (a-t-il bénéficié pour ce faire de l’aide de l’Armée Secrète qu’il a intégrée le 1er janvier 1943 ?).
Ayant survécu à la guerre, Jean Scalabrino demanda à bénéficier du statut de Déporté Politique. Cela déclencha une enquête. Le statut DIP lui fut refusé en mai 1953. Il était apparu que « son comportement au point de vue national a été des plus suspects, puisqu’il fut l’instigateur de l’arrestation des juifs Goldberg et Schmidt » et que la Résistance, qu’il avait tenté d’intégrer, l’avait elle-même "fait arrêter par la gendarmerie » car elle savait qu'il faisait arrêter des juifs.
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